Das Anfärben der Zähne in der Prophylaxesitzung ist ein wichtiger Bestandteil der Behandlung. Das Verfahren dient einmal der Selbstkontrolle für den Behandler und hilft außerdem bei der Instruktion und Motivation des Patienten, diese Art der Kontrolle in das Zahnputzritual einzubeziehen.
Zahnfärbemittel gibt es sowohl in flüssiger als auch gepresster Form (Zahnfärbetabletten). Während die flüssige Anfärbelösung bei der eigentlichen Prophylaxebehandlung einfach mit einem Applikator auf die Zähne aufgetragen wird, eignen sich die Anfärbetabletten besonders für die Kontrolle zuhause. Mithilfe von farblichen Veränderungen auf den Zähnen werden Zahnbeläge, und damit auch Putzdefizite, für Anwender und Patient sichtbar gemacht. Es handelt sich bei der Anfärbesubstanz um einen temporären Farbstoff, der gesundheitlich unbedenklichen Lebensmittelfarbstoff (kein Erytrosin) enthält und leicht von den Zähnen abwaschbar ist. Ein wichtiger Aspekt für Allergiker ist zudem, auf glutenfreie Anfärbemittel zu achten, welche heutzutage bereits erhältlich sind.